El Museo Diocesano remonta su origen a 1893, con su fundación por parte de Josep Messeguer. Por su parte, la colección arqueológica del Institut d’Estudis Ilerdenses (IEI) nace a raíz del Museo de Antigüedades de mediados del siglo XIX, que pasaba a manos de la institución mencionada en 1942. Con la idea de reunir ambas colecciones, en 1988 se planteaba la creación de un museo único, que no cuajaría hasta 1997. Bajo la dirección del consorcio formado por la Generalitat catalana (que aportaba el 60% de los 18 millones que ha costado), la Diputación (colaborando con los terrenos y el 20% del coste del proyecto), el Obispado y el Ayuntamiento de Lleida (con el 20% de la inversión), y el Consejo Comarcal del Segriá (creado el 1 de agosto de 1997), este proyecto quedaba finalizado en 2007 tras más de 10 años de gestión y 6 de obra (el concurso fue ganado por Joan Rodón en 1999), en la que han intervenido desde arquitectos hasta arqueólogos, pasando por historiadores, museógrafos o iluminadores. Con un año de vida, el Museo Diocesano y Comarcal de Lleida (Museu de Lleida), con la exposición permanente de casi un millar de piezas al frente, ya había congregado en noviembre de 2007 a cerca de 50.000 visitantes.
Las 10.000 piezas de arte disponibles en el fondo del Museo cubren la historia de la región, desde la prehistoria hasta la época cristiana, a su paso por las etapas celta, griega, romana o visigoda de la urbe, muchas de ellas ligadas a la religión. Entre las piezas del museo, el visitante podrá observar desde un pequeño fósil de caimán de Soses de 30 millones de años de antigüedad hasta la maqueta de la nueva catedral de la ciudad, con la que se culmina la exposición, en un total de 8.500 metros cuadrados de superficie y 900 piezas expuestas al público en sus diferentes exposiciones.